臺灣地處熱帶、亞熱帶之交，環境變遷使臺灣高溫高濕的氣候更接近熱帶，溫度提升不僅影響水畜產動物的生長、生產和繁殖性能，也增加熱帶疫病的發生和感染，因此臺灣畜產與水產育種的抗熱、抗病、多產性能或對環境適應性狀的育種目標極為迫切。又由於我國經濟動物的生產空間狹小，飼養密度極高，大規模生產雖然達到降低成本，但飼養過程飼養動物受到非友善待遇，尤其在疾病防治上，非治療型抗生素的濫用成為水產與畜產生產管理上的一大問題，也對生態環境造成相當大之衝擊；此外，2021年起開放含萊克多巴胺的美國豬肉進口的限制，而國產豬與牛禁止使用任何乙型受體素添加劑，如何提升我國禽畜產業的競爭力與產品優勢，亦為重要課題。歐盟已於2006年全面禁用抗生素，國內也已達成逐步禁用的規範，勢必衝擊到國內農業政策的管理方針。本研究中心集合國內外33位專家學者與7位研究人員，帶領研究生及助理博後全心投入動物生技的前瞻研究，輔以國際化交流合作、高階研究人才的培育、主辦國際與全國性研討會、研發動物疾病檢測試劑與疫苗、鳥禽遺傳資源的保種推廣、衍生新創公司等績效，以學術研究引導動物科技產業發展，進而提升臺灣水畜產的品質與國際競爭力。
學術研究:
短期目標(第1-2年度)建構3種功能性胜肽量產系統、開發6種不同外源性消化酵素、篩選與評估畜禽腸道的新穎益生菌株2-4株、建立2套報導病毒載體平台、設立養殖魚房的水質AI監測系統。
中期目標(第3-4年度)建立鳥禽雄性睪丸組織再生機制與老化回春技術、開發禽流感各型血球凝集素抗原與抗體製備技術、逐年檢驗台灣鳥禽流感抗體之血清型種類及濃度、探討鳥禽生殖腺與羽毛之季節性再生與發育機制。
長期目標(第5年度起)開發6種以上畜禽與水產專用益生菌與胜肽產品、開發2項禽流感次世代疫苗與SFTSV治療性抗體、盤點推廣中興紅羽1982在部落飼養成果，開拓社會企業之林下經濟據點、開發2項增加魚類生長或抗逆境的功能性飼料。
人才培育:培育年輕生技人才(碩士級及博士級研究人員)及延攬國際人才參與計畫。
國際交流:邀請多位國際相關領域學者來訪參與計畫、舉辦數場國際研討會、與國際標竿中心交流發展。
產業貢獻:專利申請與技轉、產業推廣、衍生新創公司等。
永續經營:五年預計爭取政府及產業界經費5億元以上，邁向永續發展；預期整體績效超越國際標竿中心。